Zaburzenia krwi i układu chłonnego: (bardzo często) zahamowanie czynności szpiku kostnego (jedno z działań niepożądanych ograniczających dawkę), neutropenia i małopłytkowość (oba o nasileniu od lekkiego do najcięższego), leukopenia, agranulocytoza, niedokrwistość, krwawienie z nosa i pancytopenia. Stopień mielosupresji (od I do IV wg NCI) zależy od sposobu podawania (wstrzyknięcie dożylne (bolus) lub ciągła infuzja dożylna) i dawki. Neutropenia występuje po każdym cyklu leczenia po podaniu 5-FU w bolusie w odpowiedniej dawce (nadir: w dniach 9.- 14. (- 20.); powrót do wartości prawidłowych zwykle po dniu 30.). Zaburzenia układu immunologicznego; (bardzo często) zahamowanie czynności układu odpornościowego ze zwiększoną częstością zakażeń; (niezbyt często) reakcje nadwrażliwości; (rzadko) uogólnione reakcje nadwrażliwości włącznie ze wstrząsem anafilaktycznym. Zaburzenia metabolizmu i odżywiania: (bardzo często) hiperurykemia. Zaburzenia układu nerwowego: (często) przemijający odwracalny zespół móżdżkowy obejmujący bezład, przemijający stan splątania oraz zaburzenia ruchowe pochodzenia pozapiramidowego i zaburzenia pochodzenia korowego, które ustępują zwykle po odstawieniu 5-FU; (niezbyt często) oczopląs, ból głowy, zawroty głowy pochodzenia błędnikowego, objawy parkinsonizmu, objawy korowo-rdzeniowe i euforia, senność; (bardzo rzadko) leukoencefalopatia z takimi objawami, jak ataksja, utrudnienie mowy, splątanie, zaburzenia orientacji, miastenia, afazja, napady drgawek lub śpiączka po podaniu dużych dawek fluorouracylu w infuzji lub u pacjentów z niedoborem DPD. Zgłoszono przypadek leukodystrofii, która ustąpiła po natychmiastowym odstawieniu produktu. W grupie zwiększonego ryzyka mogą być pacjenci z niedoborem dehydrogenazy dihydropirymidynowej. W rozpoznawaniu leukodystrofii pomocne bywa obrazowanie dyfuzyjne (ang. DWI). Zgłaszano też niedokrwienny udar mózgu związany ze stosowaniem terapii skojarzonej (na przykład: 5-FU + mitomycyna C lub cisplatyna). Zaburzenia oka: (niezbyt często) nadmierne łzawienie, niewyraźne widzenie, zaburzenia ruchu gałek ocznych, zapalenie nerwu wzrokowego, podwójne widzenie, zmniejszenie ostrości wzroku, światłowstręt, zapalenie spojówek, zapalenie brzegów powiek, odwinięcie powieki na skutek zbliznowacenia, niedrożność kanalików łzowych. Zaburzenia serca: (bardzo często) zmiany w zapisie EKG typowe dla niedokrwienia; (często) dławicowy ból w klatce piersiowej; (niezbyt często) zaburzenia rytmu, zawał mięśnia sercowego, niedokrwienie mięśnia sercowego, zapalenie mięśnia sercowego, niewydolność serca, kardiomiopatia zastoinowa i wstrząs kardiogenny, zaburzenia czynności lewej komory serca; (bardzo rzadko) zatrzymanie akcji serca i nagły zgon sercowy, kardiotoksyczne działania niepożądane występują najczęściej w trakcie lub w kilka godzin po 1-szym cyklu leczenia. Ryzyko takich działań jest większe u pacjentów z istniejącą chorobą niedokrwienną serca lub kardiomiopatią. Zaburzenia naczyniowe: (niezbyt często) niedociśnienie tętnicze; (rzadko) niedokrwienie mózgu, jelit i niedokrwienie obwodowe, objaw Raynauda, zakrzep z zatorami, zakrzepowe zapalenie żył. Zaburzenia układu oddechowego, klatki piersiowej i śródpiersia: (bardzo często) skurcz oskrzeli. Zaburzenia żołądka i jelit: (bardzo często) działa niepożądane dotyczące przewodu pokarmowego (mogące zagrażać życiu), takie jak zapalenie błon śluzowych (zapalenie jamy ustnej, gardła, przełyku, odbytnicy), jadłowstręt, ciężka biegunka, nudności i wymioty; (niezbyt często) odwodnienie, posocznica, owrzodzenie przewodu pokarmowego, krwawienia z przewodu pokarmowego, złuszczanie Nasilenie żołądkowo-jelitowych działań niepożądanych (stopnia od I do IV wg NCI) zależy od dawki i sposobu podawania. Po podaniu w ciągłej infuzji dożylnej bardziej prawdopodobnym działaniem ograniczającym dawkę jest zapalenie błony śluzowej jamy ustnej niż zahamowanie czynności szpiku kostnego. Zaburzenia wątroby i dróg żółciowych: (niezbyt często) uszkodzenie komórek wątroby; (bardzo rzadko) martwica wątroby (czasami prowadząca do zgonu), zapalenie pęcherzyka żółciowego. Zaburzenia skóry i tkanki podskórnej: (bardzo często) łysienie, opóźnione gojenie się ran, zespół dłoniowo-podeszwowy z zaczerwienieniem, obrzękiem, bólem i złuszczaniem się skóry na dłoniach i podeszwach stóp; (niezbyt często) wykwity, zmiany skórne (suchość skóry, pęknięcia, nadżerki, rumień, swędząca wysypka plamisto-grudkowa), zapalenie skóry, pokrzywka i nadwrażliwość na światło, skórne odczyny uczuleniowe, przebarwienia skóry, pasmowe przebarwienia lub odbarwienia w okolicach żył, zmiany w obrębie paznokci (np. rozsiana powierzchowna niebieska pigmentacja, nadmierna pigmentacja, uszkodzenie płytek paznokciowych, ból i pogrubienie łożyska paznokci) i oddzielanie się płytki paznokciowej, z utratą paznokci włącznie Zespół erytrodysestezji dłoniowo-podeszwowej występuje bardzo często po podaniu w ciągłej infuzji i często po podaniu w szybkim wstrzyknięciu dożylnym. Zaburzenia mięśniowo-szkieletowe i tkanki łącznej: (niezbyt często) martwica kości nosa. Zaburzenia nerek i dróg moczowych: (niezbyt często) niewydolność nerek. Zaburzenia układu rozrodczego i piersi: (niezbyt często) zaburzenia spermatogenezy i owulacji. Zaburzenia ogólne i stany w miejscu podania: (bardzo często) wyczerpanie, uogólnione osłabienie, zmęczenie i brak energii, gorączka. Badania diagnostyczne: (bardzo rzadko) wydłużenie czasu protorombinowego po podaniu 5-FU i warfaryny. Zaburzenia endokrynologiczne: (nieznana) zwiększenie stężenia całkowitej tyroksyny (T4) i całkowitej trójjodotyroniny (T3) bez zwiększenia wolnej T4 i TSH i bez objawów klinicznych nadczynności tarczycy.