Należy oczekiwać, że u ok. 35% pacjentów wystąpią działania niepożądane. W większości dotyczą one układu pokarmowego i nerwowego. W przypadku wystąpienia takich działań na początku leczenia cysteaminą, tymczasowe zaprzestanie podawania preparatu, a następnie stopniowe ponowne wprowadzenie leczenia może przyczynić się do poprawienia tolerancji preparatu. Badania diagnostyczne: (często) nieprawidłowe wyniki testów czynności wątroby. Zaburzenia krwi i układu chłonnego: (niezbyt często) leukopenia. Zaburzenia układu nerwowego: (często) ból głowy, encefalopatia; (niezbyt często) senność, drgawki. Zaburzenia żołądka i jelit: (bardzo często) wymioty, nudności, biegunka: (często) ból brzucha, cuchnący oddech, niestrawność, zapalenie błony śluzowej żołądka i jelit; (niezbyt często) owrzodzenie trawienne. Zaburzenia nerek i dróg moczowych: (niezbyt często) zespół nerczycowy. Zaburzenia skóry i tkanki podskórnej: (często) nieprzyjemny zapach skóry, wysypka; (niezbyt często) zmiany barwy włosów, rozstępy skórne, kruchość skóry (guzopodobne mięczakowate zmiany skórne w okolicy łokci). Zaburzenia mięśniowo-szkieletowe i tkanki łącznej: (niezbyt często) nadmierny wyprost w stawach, bóle nóg, koślawość kolan, osteopenia, złamanie kompresyjne, skrzywienie boczne kręgosłupa. Zaburzenia metabolizmu i odżywiania: (bardzo często) anoreksja. Zaburzenia ogólne i stany w miejscu podania: (bardzo często) letarg, gorączka; (często) osłabienie. Zaburzenia układu immunologicznego: (niezbyt często) reakcje anafilaktyczne. Zaburzenia psychiczne: (niezbyt często) nerwowość, omamy. W dwóch przypadkach stwierdzono wystąpienie zespołu nerczycowego w ciągu 6 m-cy od rozpoczęcia leczenia, ze stopniową poprawą stanu po zaprzestaniu leczenia. W badaniach histologicznych stwierdzono w jednym przypadku błoniaste kłębuszkowe zapalenie nerek w przeszczepie allogenicznym nerki, a w innym pojedynczym przypadku zapalenie śródmiąższowe nerek, związane z nadwrażliwością na preparat. W nielicznych przypadkach opisywano objawy na łokciach przypominające zespół Ehlersa i Danlosa u dzieci długotrwale leczonych dużymi dawkami różnych preparatów cysteaminy (cysteamina, chlorowodorek cysteaminy lub dwuwinian cysteaminy), zwykle większymi od dawki maks. 1,95 g/m2/dobę. W niektórych przypadkach tym zmianom skórnym towarzyszyły rozstępy skórne oraz zmiany kostne widoczne dopiero w badaniu radiologicznym. Opisywano następujące zaburzenia kośćca: koślawość kolan, ból kończyn dolnych, przeprost w stawach, osteopenię, złamania kompresyjne i skoliozę. Badania histopatologiczne skóry wykonane w nielicznych przypadkach wykazały zmiany o typie angioendotheliomatosis. Jeden pacjent zmarł w następstwie znacznych zmian naczyniowych i ostrego niedokrwienia mózgu. U niektórych pacjentów zmiany skórne w okolicy łokci ustępują po zmniejszeniu dawki preparatu. Uważa się, że cysteamina wpływa na proces poprzecznego łączenia włókien kolagenowych.