Do działań niepożądanych najczęściej zgłaszanych podczas stosowania izotretynoiny należą: suchość błon śluzowych, np. warg, zapalenie warg, suchość błony śluzowej nosa, krwawienia z nosa, suchość oka, zapalenie spojówek, suchość skóry. Niektóre działania niepożądane izotretynoiny zależą od dawki. Objawy niepożądane na ogół ustępują po zmianie dawki lub zaprzestaniu leczenia, niektóre mogą jednak utrzymywać się po zakończeniu leczenia. Zakażenia: (bardzo rzadko) zakażenia (skóry i błon śluzowych) bakteriami Gram(+). Zaburzenia krwi i układu chłonnego: (bardzo często) niedokrwistość, przyspieszone OB, małopłytkowość, nadpłytkowość; (często) neutropenia; (bardzo rzadko) limfadenopatia. Zaburzenia układu immunologicznego: (rzadko) skórne reakcje alergiczne, reakcje anafilaktyczne,nadwrażliwość. Zaburzenia metabolizmu i odżywiania: (bardzo rzadko) cukrzyca, hiperurykemia. Zaburzenia psychiczne: (rzadko) depresja, pogłębienie objawów depresji, skłonność do agresji, lęk, zmiany nastroju; (bardzo rzadko) zaburzenia zachowania, zaburzenia psychotyczne, myśli samobójcze, próby samobójcze, samobójstwo. Zaburzenia układu nerwowego: (często) bóle głowy; (bardzo rzadko) łagodne nadciśnienie wewnątrzczaszkowe, drgawki, senność. Zaburzenia oczu: (bardzo często) zapalenie powiek, zapalenie spojówek, suchość oczu, podrażnienie oczu; (bardzo rzadko) niewyraźne widzenie, zaćma, ślepota barw (niedobór widzenia kolorów), nietolerancja soczewek kontaktowych, zmętnienie rogówki, pogorszenie widzenia w ciemności, zapalenie rogówki, tarcza zastoinowa (objawy łagodnego nadciśnienia wewnątrzczaszkowego), światłowstręt. Zaburzenia ucha i błędnika: (bardzo rzadko) upośledzenie słuchu. Zaburzenia naczyniowe: (bardzo rzadko) zapalenie naczyń (np. zapalenie ziarniniakowe Wegenera, alergiczne zapalenie naczyń). Zburzenie oddechowe, klatki piersiowej i śródpiersia: (często) krwawienie z nosa, suchość błony śluzowej nosa, zapalenie jamy nosowo-gardłowej; (bardzo rzadko) skurcz oskrzeli (szczególnie u pacjentów z astmą), chrypka. Zaburzenia żołądka i jelit: (bardzo rzadko) zapalenie okrężnicy, zapalenie jelita krętego, suchość gardła, krwotoki żołądkowo-jelitowe, biegunka krwotoczna i choroba zapalna jelit, nudności, zapalenie trzustki. Zaburzenia wątroby i dróg żółciowych: (bardzo często) zwiększenie aktywności aminotransferaz; (bardzo rzadko) zapalenie wątroby. Zaburzenia skóry i tkanki podskórnej: (bardzo często) zapalenie czerwieni warg, zapalenie skóry, suchość skóry, miejscowe złuszczenie naskórka, świąd, wysypka rumieniowa, nadwrażliwość skóry (ryzyko urazu w wyniku tarcia); (rzadko) łysienie; (bardzo rzadko) trądzik piorunujący, zaostrzenie trądziku (nawrót trądziku), rumień (twarzy), wysypka, zaburzenia włosów, hirsutyzm, dystrofia paznokci, zanokcica, reakcje nadwrażliwości na światło, ziarniniak ropotwórczy, przebarwienia skóry, zwiększona potliwość, rumień wielopostaciowy, zespół Stevens-Johnsona, toksyczno-rozpływna martwica naskórka (częstość nieznana). Zaburzenia mięśniowo-szkieletowe i tkanki łącznej: (bardzo często) bóle stawów, bóle mięśni, ból pleców (szczególnie u pacjentów w wieku dojrzewania); (bardzo rzadko) zapalenie stawów, wapnica (zwapnienie wiązadeł i ścięgien), przedwczesne zrastanie nasad kości długich, wyrośle kostne (hiperostoza), zmniejszenie gęstości kości, zapalenie ścięgien. Zaburzenia nerek i dróg moczowych: (bardzo rzadko) zapalenie kłębuszkowe nerek. Zaburzenia ogólne i stany w miejscu podania: (bardzo rzadko) nadmierne tworzenie się ziarniny, złe samopoczucie. Nieprawidłowości w badaniach laboratoryjnych: (bardzo często) zwiększenie stężenia trójglicerydów we krwi, zmniejszenie stężenia lipoprotein o dużej gęstości; (często) zwiększenie stężenia cholesterolu we krwi, zwiększenie stężenia glukozy we krwi, krwiomocz, białkomocz; (bardzo rzadko) zwiększenie aktywności kinazy kreatynowej we krwi.